Malacky sú zriaďovateľom troch základných škôl — ZŠ Dr. Jozefa Dérera, ZŠ Štúrova a ZŠ Záhorácka — a siete materských škôl. Popri nich v meste pôsobí cirkevná Spojená škola sv. Františka Assiského, ktorej zriaďovateľom je Bratislavská arcidiecéza; tam mesto nerozhoduje.
V rozpočte na rok 2026 má predprimárne vzdelávanie, teda materské školy, 3 626 005 eur a primárne a sekundárne vzdelávanie 6 711 417 eur. Spolu vyše desať miliónov eur ročne, čo je najväčšia programová oblasť mestského rozpočtu. Drvivá väčšina týchto peňazí sú mzdy a prevádzka.
Investície do školských budov sú proti tomu malé a takmer všetky nesú dotačnú stopu. V rozpočte je projekt rekonštrukcie jedálne a kuchyne v ZŠ Dr. Jozefa Dérera s dotáciou ministerstva investícií 404 000 eur, rekonštrukcia elektrických rozvodov v tej istej škole za 60 000 eur a dva projekty mestskej fotovoltiky — na materskej škole J. Kollára so ZŠ Záhorácka a na ZŠ Dérera spolu s mestským úradom.
Z minulých rokov je v tabuľkách vidieť aj prístavbu materskej školy na Štúrovej ulici, financovanú z rovnakého ministerského zdroja.
Základné a materské školy sú popri odpade a miestnych cestách hlavnou kompetenciou mesta. Rozhoduje o sieti škôl, o kapacitách, o zápisoch, o riaditeľoch aj o tom, ktorá budova sa opraví ako prvá. Sľub o škôlke je preto sľub, ktorý primátor a poslanci splniť môžu.
Otázka na najbližšie roky znie, či kapacity stačia. Ak sa postavia obe ohlásené obytné zóny — Corvus Atrium a Mayer Malacky — pribudne v meste bývanie pre zhruba dvetisíc ľudí vrátane rodín s deťmi. Vo výhľade rozpočtu na rok 2027 pritom kapitálové výdavky mesta klesajú na 545 991 eur.
